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羊驼是一种单胎动物，妊娠期长(342-345天)，第一个月流产率高，繁殖率低。因此，提高羊驼繁殖率是羊驼养殖业发展面临的主要问题。
雌性羊驼通常在12个月大时交配，而美国羊驼通常在18个月大时交配。一只健康的、可繁殖的羊驼每年都能产下一只幼羊驼，并能繁殖15至16年。妊娠期通常为11.5个月或335天，第一次可能更长。任何形式的压力都可能导致羊驼流产，这也是一个主要问题。多胞胎是相当罕见的。交配通常在手动控制下进行，以确保准确记录。
首先，雄性和雌性羊驼被放置在单独的围栏内。如果雌性羊驼躺下，它们就可以交配了。通常，交配在20到40分钟内完成。羊驼在任何时候都能在诱导卵的条件下受孕。一般来说，大多数交配安排是在春季和夏季，以避免冬季分娩。雄性羊驼在交配过程中会诱发卵排出。
第一次交配七天后，雄性羊驼又被引向雌性羊驼。如果母羊驼拾起地面，一看到就跑，这意味着她怀孕了。60天时，超声检查妊娠情况。将男性羊驼引入女性羊驼的过程称为唾液分泌，可在整个妊娠期使用。血液测试有时可以用来测量激素的增加。在澳大利亚，一些胚胎移植和人工授精尚未成功。羊驼通常在白天生下，幼小的羊驼能在两小时内存活下来。许多饲养者在最初的几天里会覆盖羊驼，特别是在天气不稳定的时候。
目前，先进的科学技术手段主要用于提高羊驼的繁殖率。通过专家研究、人工授精、胚胎移植和孕酮植入，这些先进技术有望为羊驼养殖业的未来发展做出贡献。
